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http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.10...0851.x/abstract

http://link.springer.com/article/10.1007%2FBF00002218

noch zwei alte Links

Silber

http://www.sciencedirect.com/science/art...04269899190109I

Variation in the appearance of guppy color patterns to guppies and their predators under different visual conditions

Author links open the overlay panel. Numbers correspond to the affiliation list which can be exposed by using the show more link.
John A. Endler

http://scholar.google.de/scholar?hl=de&q...ppies&btnG=&lr=

all male population

a genoticist's view

Next generation population genomics in the guppy

https://publikationen.uni-tuebingen.de/x...dle/10900/49657

See thru

Sequencing guppy transcriptome

Eshita Sharma Dissertation 2015



Zusammenfassung

Es ist ein in der Natur weitverbreitetes Phänomen, dass Männchen und Weibchen einer Art aufgrund von geschlechtsspezifischem Selektionsdruck unterschiedliche Phänotypen besitzen. Die Evolution und Aufrechterhaltung von sexuellen Dimorphismen geht im Allgemeinen mit Unterschieden in der Genexpression in den zwei Geschlechtern einher. Gene, die stärker in einem Geschlecht exprimiert werden, sogenannte geschlechtsabhängige Gene, zeigen oft eine beschleunigte molekulare Evolution. Zudem sind geschlechtsabhängige Gene auf den X- oder Z-Chromosomen von etlichen Arten im Vergleich zu den anderen Chromosomen überrepräsentiert. Im letzten Jahrzehnt hat die Forschung bezüglich des Verständnisses von Geschlechtsdetermination in Drosophiliden, Säugetieren und Vögeln große Fortschritte gemacht, es ist jedoch relativ wenig über die Evolutionsrate und genomische Position von geschlechtsabhängigen Genen in Teleostei-Arten bekannt, die zum größten Teil undifferenzierte und evolutionär gesehen junge Geschlechtschromosomen besitzen.

Ein Paradebeispiel dafür ist der Guppy, auf den sich meine Arbeit konzentriert. Guppys sind Süßwasserfische mit einem XY-Geschlechtsdeterminationssystem und einer Y-gekoppelten Vererbung von Eigenschaften, die vorteilhaft für Guppymännchen sind. Guppys sind durch einen Geschlechtsdimorphismus in Größe, Pigmentierung und Verhalten gekennzeichnet, Eigenschaften, welche in der Natur sowohl durch natürliche als auch durch sexuelle Selektion beeinflusst werden. Um die geschlechtsabhängigen Gene des Guppys zu identifizieren, assemblierte ich zuerst ein Referenztranskriptom aus cDNA-Sequenzierdaten mit hoher Abdeckung. Ich verglich unterschiedliche Transkriptomassemblierungsmethoden für RNASequenzierungsdaten (RNA-seq) und erstellte und annotierte ein Referenztranskriptom bestehend aus einer Genom-unabhängigen und einer Genom-abhängigen Assemblierung. Danach untersuchte ich die Expression von geschlechtsabhängigen Genen im Gehirn, Schwanzbereich und den Gonaden, da diese Gewebe in adulten Guppys sexuell dimorph sind. Dabei fand ich gewebespezifische Expression, die mit dem sexuellen Dimorphismus des Phänotyps in Zusammenhang steht. Kurz zusammengefasst wurden Signaltransduktions-, Pigmentierungs- und Spermatogenesegene stärker in Männchen exprimiert, wohingegen Gene, welche in Weibchen stärker exprimiert wurden, mit Wachstum, Zellteilung,
Organisation der extrazellulären Matrix, Nährstofftransport und Follikulogenese in Zusammenhang stehen. Da die männliche Geschlechtsdetermination und -differenzierung im Guppy vermutlich mit den männlich-spezifischen Farbmustern assoziiert sind, habe ich die Genexpression und genomische Position von Guppy-Orthologen von Pigmentierungskandidatengenen analysiert, die in anderen Wirbeltieren eine Rolle in der Farbentwicklung spielen. Die Kandidatengene konnten genau auf dem weiblichen Genom positioniert werden und es konnte kein Kandidat, der nur in Männchen exprimiert wurde, identifiziert werden. Das Ausmaß und die Richtung der geschlechtspezifischen Expression war von etlichen Genen, die mit dem Geschlecht in Zusammenhang stehen und von einigen Pigmentierungsgenen, gewebespezifisch.

Als ich die Verteilung aller geschlechtsabhängigen Gene im Genom untersuchte, entdeckte ich, dass auf den Geschlechtschromosomen (Kopplungsgruppe 12) Gene, die mit den Ovarien assoziiert sind, über- und Gene, die mit den Hoden assoziiert sind, unterrepräsentiert sind. Ein genomweiter Vergleich der Evolutionsrate der geschlechtsabhängigen und -unabhängigen Gene, gemessen an dem Verhältnis der nicht-synonymen Austauschrate (dN) zu der synonymen Austauschrate (dS), deutete in allen drei Geweben darauf hin, dass Gene, die mit Hoden und Ovarien assoziiert sind, schneller evolvieren. Die Gene, die höher im weiblichen Gehirn exprimiert wurden, zeigten unabhängig vom Umfang und der Höhe der Expression ein erhöhtes Ausmaß an nicht-synonymen Austäuschen.

Nach ausführlicher Evaluation der vorhandenen Assemblierungsmethoden stellt diese Studie ein umfangreiches Referenztranskriptom des Guppys zur Verfügung. Das Referenztranskriptom stellt eine molekulare Ressource dar, von der ausgehend die komplexen adaptiven Merkmale des Guppys untersucht werden können. Der Vergleich der genomweiten differentiellen Expression zwischen männlichen und weiblichen Geweben führte zu der Identifizierung von Kandidatengenen, die vermutlich zu dem sexuellen Dimorphismus, der mit den Geweben assoziiert ist, beitragen. Die Liste an Kandidatengenen dient auch als eine Referenz für zukünftige Studien über reproduktive und somatische Geschlechtsunterschiede in Guppypopulationen und Poeciliiden sowie anderen Teleosten. Die unterschiedliche genomische Verteilung der Gene, die mit Ovarien und Hoden assoziiert sind, zeigt, dass es geschlechtsspezifischen Selektionsdruck gibt, der durch die ungleiche Verteilung der geringfügig differenzierten Geschlechtschromosomen des Guppys agiert. Die erhöhten Nukleotidsubstitutionsraten, die in Gonaden-abhängigen und weiblich-abhängigen Genen im
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Gehirn beobachtet wurden, stimmen mit der Hypothese einer beschleunigten Proteinevolution ausgelöst durch sexuelle und entspannte purifizierende Selektion überein. Diese Ergebnisse bilden die Grundlage für zukünftige Experimente, die die Variation zwischen Guppys aus Populationen mit unterschiedlichem Ausmaß an sexuellem Dimorphismus und vermutlich variierenden sexuellem und natürlichem Selektionsdruck untersuchen werden. Zudem stellen die Ergebnisse eine Referenz zur Verfügung mittels der interspezifische Variationen in Genen, die möglicherweise vorteilhaft für ein Geschlecht sind, in eng verwandten Poeciliiden mit diversen Geschlechtsdeterminationsmechanismen erforscht werden kann.

TRANSCRIPTOME ASSEMBLY AND MOLECULAR EVOLUTIONARY ANALYSIS OF SEX-BIASED GENES IN THE GUPPY
(Poecilia reticulata)

siehe auch hier unter related articles:

https://scholar.google.com/citations?vie...AJ:nb7KW1ujOQ8C